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독도로 도주하자 독도까지 쫓아가 독도 역시 우리땅(松島卽子山島)이라며 이들을 내쫓았다고 한다.
이어 안용복 일행은 일본 본토로 향했다. 1696년 5월 20일 안용복은 10명의 일행과 함께 일본 오키도(隱岐島)에 도착하였다. 안용복은 오키도주에게 “3년 전 막부가 울릉도.독도가 조선땅이라고 분명히 했는데 어찌하여 또 다시 침략하느냐”고 강하게 항의했다. 그리고 상소문을 막부로 올렸다.
이러한 사실은 “원록9년병자년조선착안1권지각서(元祿九年丙子年朝鮮舟着岸一卷之覺書)”라는 문서에 의해 밝혀졌다. 이 문서는 2차 도일 때 안용복이 진술한 것을 일본관리가 받아 적은 조사서이다. 이 문서는 그 동안 무라카와 가문에서 보관하고 있었다. 무라카와의 후손(무라카와 48대 당주)은 일본의 독도 영유권 주장과 시마네현의 조례 제정이 잇따르자 역사의 진실을 밝히기 위하여 2003년 5월 이를 공개한 것이다. 이 문서에는 안용복이 울릉도와 독도가 조선영토임을 분명히 밝힌 내용이 상세히 기록되어 있다. 이는 일본의 주장을 무력화할 수 있는 획기적인 문서로 확인되었다.
이 문서를 살펴보면 당시 안용복이 얼마나 철저한 준비를 했는지 알 수 있다. 이 문서에 의하면
1. 안용복 일행이 타고 온 배의 크기(15x4m), 11명의 이름.관직, 노의 개수, 배에 사용하는 키의 크기 등 상세히 기록하고 있다.
2. 안용복은 제1차 도일 때와 또 다른 요패 “통정대부 안용복 연갑오생 임동래(通政大夫 年 甲午生 壬東萊)”를 가지고 있었다고 기록하고 있다. 통정대부는 조선시대 정3품 문관에 해당하는 직책이다.
3. 또 안용복은 뛰어난 문장가 이인성까지 대동하여 필담을 하였고, 이인성으로 하여금 상소문을 작성하여 막부에 올렸다고 기록하고 있다.
4. 그리고 안용복은 놀랍게도 조선팔도지도와 가케츠케(書付)라는 서책1권을 가지고 있었으며, 일본관리는 서책의 내용을 1부 베꼈다고 기록하고 있다. 서책(書付)이란 에도막부 시대 장군이나 노중(老中;영의정에 해당하는 직책)의 명령을 전하는 일종의 공문서를 말한다. 이는 안용복이 1차 도일 때 쓰시마번주에게 탈취당한 서계 외 돗도번주 또는 막부의 싸인이 들어있는 서책으로 보아 진다.
5. 지금은 지도를 아무나 지니고 다닐 수 있지만 당시 조선팔도지도는 아무나 지닐 수 없는 국가 기밀에 해당하는 것이다. 안용복이 조선팔도지도를 지녔다는 것을 무모하리만치 과감한 행동이었다. 조선팔도지도에는 “江原道 此道中竹嶋松嶋有之” 즉 “울릉도와 독도가 강원도에 속한다”라고 특별히 주석한 것이었다. 이 지도를 자세히 살펴보면 안용복의 제2차 도일 목적이 분명해진다.
6. 여기에 안용복은 일본의 주장을 조목조목 설명을 하고 있다. 즉 일본이 주장하는 竹島는 강원도 동래부에 소속된 울릉도이고, 울릉도 오른쪽에 있는 松島는 울릉도의 새끼 즉 아들섬(右島內子山島)으로써 역시 조선땅이라고 밝혔다. 그리고 실질적인 거리는 차이가 있지만 조선에서 죽도까지 30리, 죽도에서 송도까지 50리라고 거리까지 구체적으로 밝히고 있다. 
그리고 죽도고 기록을 살펴보면 이때 안용복이 타고 온 배에는 “기선미견성도 우귀고향사농시(起船尾見盛稻 又歸古鄕思農時)”라는 깃발 위에 '朝鬱 兩島監稅將臣安同知騎' 라는 대형깃발을 달고 있었고, 안용복 스스로 당시에 없던 ‘울릉.우산 양도의 감세장(鬱陵•于山兩島監稅將)’이라는 관직을 사용했다.
이러한 기록을 미루어 볼 때 2차 도일은 조직적으로 이루어졌음을 알 수 있다. 안용복 단독에 의한 것이 아닐 수도 있다는 것이다. 이에 대해 시마네대학 교수는 2차 도일의 목적은 확실했으며 이는 안용복이 직접 소송을 하기 위하여 많은 준비를 했음을 입증하고 있다고 말했다.
이상과 같은 기록을 종합하여 결론적으로 말하면 일본이 주장하는 80년간 실질적으로 이 지역에서 어로 작업을 했기 때문에 일본땅이라는 주장을 끊는 결정적인 근거가 된다.
오키도에 도착한 안용복 일행은 돗도리번으로부터 연락이 없자 직접 상소를 하기 위하여 본토로 들어갔다. 돗도리번주는 관리를 파견하여 안용복 일행을 사신으로 맞이했다. 당시 안용복은 ‘푸른 철릭(天翼)을 입고 검은 포립을 쓰고 가죽신을 신고 교자를 타고’ 번청에 들어갔던 것으로 기록되어 있다(숙종실록). 6월 20일 안용복은 돗도리번주와 마주 앉아 "3년전 양도의 일로 서계를 받았음이 명백한데도 대마도주는 서계를 탈취하고, 중간에 위조하여 여러 번 사절을 보내서 불법으로 횡침하니 내가 장차 막부에 상소하여 죄상을 낱낱이 진술하겠다"고 따졌다. 
임부넴표 6월 7일자에는 "죽도에 도해한 조선의 배 32척을 대표하는 사선 1척이 돗도리번에 직소를 하기 위하여 들어왔다. 그리고 이것은 쓰시마번과 관계가 있다"라고 기록되어 있다. 그리고 타케시마기지(竹島記事)에는 에도막부에 있던 쓰시마 사람이 돗도리번에서 올라 온 보고를 듣고 매우 놀랐다는 내용이 기록되어 있다. 쓰시마 종가 문서 테류인코 지쯔로쿠(天龍院實錄)에는 쓰시마번주 아버지가 "만약 이 상소가 올라가면 내 아들은 반드시 중죄를 얻어 죽을 것이므로 청컨데 이 상소를 막부에 올라가지 못하도록 막아달라(不容轉啓)"고 돗도리번주에게 간청한 기록이 있다.
그리고 돗도리번의 공식기록 히카에초에는 6.21이후 8월까지 안용복과 관련된 기사들이 사라지고 없다. 이는 돗도리번과 쓰시마번의 비밀스런 거래가 있었던 것이다. 그리고 돗도리번주는 안용복에게 ‘두 섬은 이미 너희 나라에 속하였으니, 뒤에 혹 다시 침범하여 넘어가는 자가 있거나, 함부로 침범하면 도주가 모두 국서로 만들어 역관을 정하여 들여 보내면 엄중히 처벌할 것이다’라고 전했다. 또 돗도리번주는 안용복에게 귀향 길을 스스로 결정하도록 했다. 이에 안용복은 8월 강원도 양양으로 자유롭게 돌아왔다. 이는 극히 예외적인 일이다. 만약 안용복의 주장이 부당했다면 1차 도일 때와 같이 외교적인 루트인 쓰시마를 통해야 했다.
이와 같이 돗도리번과 쓰시마번의 긴박한 상황 전개에는 다음과 같은 역사적인 비밀이 숨겨져 있었다.
즉 돗도리한시(島取藩史) 1695년 12월 24일자 기록에는 막부가 두 가문이 울릉도 도해 경위를 묻는 7가지 질문 내용이 나온다. 그리고 막부의 외교문서를 정리해 놓은 쯔코이찌랑(通航一覽)을 살펴보면 안용복이 2차 도일하기 이전 1696년 1월 28일 막부는 “울릉도는 애초에 조선으로부터 빼앗은 것이 아니니 지금 돌려 준다고 말할 수 없다. 다만 우리나라(일본) 사람이 가서 고기잡이하는 것을 금할 따름이다”라고 하면서 울릉도 도해 금지령을 이미 내렸다. 그리고 이러한 내용을 조선에 알리라고 지시를 했었다는 것이다. 하지만 쓰시마번주는 이를 조선에 알리지 않았다. 또 두 가문에 이 금지 봉서가 전달된 것은 1696년 8월 1일이었다고 하키에초에는 기록하고 있다.
결국 안용복이 2차 도일하기 이전 막부는 이미 울릉도.독도가 조선땅이므로 이 두 섬에 일본인들의 도해 금지령을 내렸지만 쓰시마번주가 이를 어겼다는 것이다. 쓰시마번주는 당시 조선과 일본과의 교역을 독점하고 있었고, 외교 문서를 전달하는 루트의 최정점에 있었던 점을 악용하고 있었다고 볼 수 있다. 그리고 쓰시마번주는 항명에 대한 막부의 처벌을 두려워한 나머지 돗도리번주와 밀거래를 했던 것이다.
안용복 일행이 2차 도일 사태가 발생하자 더 이상 버티지 못한 쓰시마번주는 1697년 1월 막부의 결정을 조선에 알렸다. 안용복의 활동이 결정적인 계기가 되었다는 것이다. 하지만 안용복의 상소는 그 후 막부에게 보고되어 이전에 국경을 침범하여 울릉도에 들어갔던 일본인 15명을 적발하여 처벌하였다고 한다(신용하교수).
한편 오늘날 일본의 일부 학자들은 도해금지 봉서에는 ‘울릉도’만 표시되어 있고 ‘독도’는 빠져있기 때문에 독도를 막부가 포기한 것은 아니라고 주장하고 있다. 하지만 안용복이 주장했던 기록을 살펴보면 이러한 일본의 주장은 전혀 근거가 없다. 그리고 나이토교수와 다카시 교수도 이것은 독도가 포함되어 있음을 나타내고 있다고 말했다. 이와 같은 2차례에 걸친 안용복의 활동은 장쾌한 것이었다. 안용복의 활동으로 인하여 임진왜란 등으로 어수선했던 조선정부는 일본의 영토 침탈 야욕을 분쇄할 수 있었고, 대일외교의 우위를 확보할 수 있었다. | 
